基于 Conda 安装配置 Jupyter

Conda 安装及配置

安装文件下载

Linux 下推荐安装 Miniconda3 (基于 Python3),Python2 即将 EOL。

Miniconda3 下载链接

安装步骤

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chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按照提示接受 the license terms 并设置安装路径,默认为 ~/miniconda3/

最后可选择将 conda 加入用户环境变量 PATH,也可安装后手动配置,方法为:

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echo "export PATH=$PATH:~/miniconda3/bin" >> ~/.bashrc

Conda 配置

Conda 源配置(添加 biocondarconda-forge 以及 anaconda 源),参考此文章

jupyter 安装及配置

jupyter 安装

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conda install jupyter

jupyter 配置

配置 jupyter 密码并允许远程访问:

生成配置文件

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jupyter notebook --generate-config

生成密码

打开 ipython,创建一个密文的密码:

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In [1]: from notebook.auth import passwd
In [2]: passwd()
Enter password:
Verify password:
Out[2]: 'sha1:...:...'

复制生成的密文 sha1:...

修改默认配置文件

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vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

修改如下内容:

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c.NotebookApp.allow_remote_access = True
c.NotebookApp.ip = '*'
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.password = u'sha1:...刚才复制的密文'
c.NotebookApp.port = 8888 # 指定一个访问端口

启动jupyter notebook

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jupyter notebook

远程访问

此时应该可以直接从本地浏览器访问 address_of_remote:8888 进入 jupyter 的登陆界面。

建立 ssh 隧道

如果登陆失败,则有可能是服务器防火墙设置的问题,此时最简单的方法是在本地建立一个ssh隧道:

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ssh username@address_of_remote -L127.0.0.1:1234:127.0.0.1:8888

直接访问 localhost:1234 就可访问远程的 jupyter 了。

以下为 conda 环境中特定语言 kernel 安装配置方法。

安装 jupyter 使用的 python 可直接被 jupyter 调用,不需额外配置。为了使用其他语言或者新环境中的某种语言,需要单独安装该语言的 jupyter kernel 供 jupyter 调用。

新建 conda 环境并安装 Python3

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conda create --name jupyter python=3.7 # 此处环境名 jupyter 可自定义

激活新环境

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conda activate jupyter  # 进入新建的conda环境,使用 conda deactivate 退出

安装 Python ipykernel

安装依赖包

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(jupyter) $ conda install notebook ipykernel

安装 python kernel

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which ipython # should show ~/miniconda3/envs/jupyter/bin/ipython
ipython kernel install --user --name "python37" --display-name "Python37"

kernel 文件保存在 ~/.local/share/jupyter/kernels/python37

此时安装的是新环境中 ipython 所属的 python 3.7 (~/miniconda3/envs/jupyter/bin/python) 为 jupyter kernel。

其他位置或环境的 python 可用相同方法安装为 jupyter kernel。

安装 R IRkernel

安装 R 3.6

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(jupyter) $ conda install r-base=3.6

安装依赖包

进入 R 环境:

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(jupyter) $ R

安装 R kernel 包:

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install.packages("IRkernel")

安装 R kernel

进入 R 环境,执行

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> IRkernel::installspec(name = 'ir36', displayname = 'R 3.6')

kernel 文件同样保存在 ~/.local/share/jupyter/kernels/ir36

其他位置或环境的 R 可用相同方法安装为 jupyter kernel。

登陆 jupyter 测试

首先退出 conda 环境:

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conda deactivate

启动 jupyter

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jupyter notebook

会自动读取 ~/.local/share/jupyter/kernels/ 下安装的 kernel 文件。

使用 jupyter lab

现在推荐使用 jupyter lab

安装

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conda install jupyterlab

使用

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jupyter lab # 代替 jupyter notebook 的新式交互环境。

在浏览器中输入密码登陆后会显示已经注册的 kernel,如下:

jupyter lab interface

jupyter lab interface

其中,Python 3 为 jupyter 所属 python (~/miniconda3/bin/python) 默认生成的 kernel, 另外一个 python 和 R kernel 为手动安装的 kernel。点击即可新建特定语言的 notebook 开始使用。

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